Les Eumycètes
Un groupe d'organismes très diversifié
Il existe actuellement plus de 100 000 espèces de champignons répertoriées.
La diversité de ce groupe est estimée entre 1,5 à 5 millions d'espèces : de nouvelles espèces attendent encore d'être décrites!
Les Eumycètes forment un groupe monophylétique qui s'est séparé des animaux il y a 1 milliard d'années.
Des champignons dans tous les écosystèmes
Les champignons vivent le plus souvent dans les écosystèmes terrestres mais ils sont présents dans tous les types de milieux : des fonds marins jusqu'à la peau humaine (voir figure ci-dessous, d'après Peay et al., Nature Reviews Microbiology, 2016).
a. La plupart des champignons sont des saprophytes[1] : ils décomposent des polymères complexes comme la cellulose ou la chitine[2].
b. Les champignons sont communément présents dans les cellules comme des endophytes ou des pathogènes. Les nouveaux outils de biologie moléculaire nous révèlent la présence de champignons asymptomatiques dans les cellules de tiges, racines et feuilles de plantes.
c. La majorité de plantes terrestres forment des symbioses avec les champignons appelées mycorhizes.
d. et e. La diversité des champignons commensaux ou pathogènes d'animaux ainsi que celles des champignons aquatiques sont beaucoup moins bien connues. La levure Malassezia lipophilis (photo à droite prise en microscopie électronique) est à la fois présente chez les animaux et dans les écosystèmes marins.
d. Le champignon pathogène Cordyceps formosana dont les fructifications émergent du corps de l'insecte hôte.
e. De nouvelles espèces ont été découvertes dans les écosystèmes aquatiques (ex ; chytridiomycètes) qui pourraient expliquer l'origine des champignons sur la planète.
Définition : Caractéristiques des Eumycètes
Les Eumycètes forment un réseau de filaments interconnectés appelé mycélium.
Les champignons formant ce mycélium sont dits filamenteux : ils sont les plus divers et les plus abondants dans les milieux naturels.
Dans des environnements liquides ou stressants, les champignons peuvent prendre un aspect unicellulaire de levures : on les qualifie de lévuriformes.
Les Eumycètes sont donc très polymorphes selon les conditions environnementales.
Exemple : Des exemples de champignons filamenteux et levuriformes
Ci-dessous un exemple de champignon filamenteux, appelé plus communément moisissure.
Il s'agit d'Aspergillus glaucus.
A gauche, il s'agit de la forme sexuée (téléomorphe) qui produit des ascospores.
A droite, il s'agit de la forme asexuée (anamorphe) qui produit la tête aspergillaire et les conidies (petites spores rondes) au bout du conidiophore (filament dressé)
D'autres espèces d'Aspergillus (comme Aspergillus fumigatus par exemple) peuvent devenir pathogènes chez des patients immunodéprimés. Cette espèce peut se développer dans le poumon de patients fragilisés (ancien tuberculeux, cancer pulmonaire, etc.) sous forme d'aspergillome. Chez les patients immunodéprimés, A. fumigatus peut disséminer par voie sanguine pour donner des aspergilloses pulmonaires invasives (API) très graves.
Il faut 2 à 3 jours de culture à 37°C sur milieu gélosé pour qu'Aspergillus fumigatus forme des colonies vert de gris (voir photo ci-contre).
D'autres champignons sont présents dans l'organisme humain sous forme de levures. Plusieurs espèces de levures peuvent être pathogènes pour l'espèce humaine.
Nous retiendrons ici l'exemple d'une espèce très connue qui est Candida albicans. Elle est présente à l'état d'organisme commensal dans le tube digestif de l'organisme humain.
Sous l'effet de facteurs favorisants (changements hormonaux, antibiothérapie, immunodépression, stress, etc.), les levures peuvent proliférer de façon anormale et causer des maladies appelées mycoses[7].
L'agent responsable des ces mycoses appartenant au genre Candida, on parle de candidose. Ces candidoses peuvent atteindre différentes muqueuses comme la muqueuse vaginale ou oro-pharyngée, par exemple mais aussi des organes profonds comme le rein, par exemple.
Après 24 à 48h de culture à 37°C sur milieu gélosé, les levures du genre Candida forment des colonies blanc-crémeux de 1 à 2 mm de diamètre (voir photo ci-contre).